Una de las estrategias utilizadas por el Programa SpainUDP para ofrecer una respuesta a pacientes con enfermedades raras sin diagnóstico es el establecimiento de colaboraciones, tanto a nivel nacional como internacional:

SpainUDP está vinculado con otros recursos del IIER, como el Registro de Pacientes con Enfermedades Raras (RePER) y el  Biobanco Nacional de Enfermedades Raras (BioNER), así como con redes nacionales sobre enfermedades raras en las que el IIER participa. Estas conexiones permiten un abordaje integral de los casos que combina la recogida estructurada de datos clínicos y el acceso a muestras biológicas. Por otro lado, en el ámbito nacional SpainUDP también colabora con diversas organizaciones de apoyo a pacientes.

A nivel internacional, SpainUDP participa en consorcios y proyectos que impulsan el desarrollo de herramientas, redes y conocimientos que aceleren el diagnóstico de las enfermedades raras. Estas colaboraciones internacionales fomentan el trabajo conjunto entre científicos, clínicos y expertos en bioinformática que trabajan en otros centros de investigación o programas de casos de enfermedades raras sin diagnóstico de diversos países.

Gracias a esta estrategia de colaboración, SpainUDP no solo mejora el acceso de los pacientes a un diagnóstico, sino que también impulsa el conocimiento científico en el campo de las enfermedades raras y contribuye al avance de la medicina personalizada.